Ischitella è situata nel versante nord del Gargano dominando il mare Adriatico e il lago di Varano dall'alto dei suoi 310 m s.l.m.. Il territorio comunale è ricco di sorgenti come: la fontana , l'acqua delle anitre, la grotta del tasso e le fontanelle per citarne alcune.Sull'aspetto naturalistico e ambientale particolare attenzione meritano l'istmo di Varano con le sue dune ricche di macchia mediterranea ed il torrente Romandato.

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